藤本 和士フジモト カズシ |
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所属学部・学科等
- 化学生命工学部 化学・物質工学科
職名 (資格)
- 准教授 2023年 4月 1日
出身学校・専攻
- 総合研究大学院大学2009年
- 立命館大学 理工学部2007年
- 名古屋大学 工学研究科2012年
取得学位
- 博士（工学） 名古屋大学
受賞・学術賞
- 36th International Conference on Solution Chemistry Poster Award 2019年 8月 (36th International Conference on Solution Chemistry)
- 奨励賞 2017年 10月 (溶液化学研究会)
所属学会
| 所属学会・団体名 | 役職名 (役職在任期間) |
|---|---|
| 理論化学会 | |
| 日本化学会 | |
| 分子シミュレーション学会 | |
| 高分子学会 | |
| 溶液化学研究会 |
研究業績
基調講演一軸伸長下における高分子鎖ダイナミクス青村幸典, 山田武, 酒井崇匡, 藤本和士, 眞弓皓一第70回レオロジー討論会2022年10月 14日
基調講演層状リン酸ジルコニウム中に組み込まれた有機化学種の体液模倣水溶液中での放出挙動小﨑稜平, 藤本和士, 大槻主税, 中村仁第35回秋季シンポジウム2022年9月 14日公益社団法人日本セラミックス協会徳島
基調講演ケイ酸カルシウム系材料から溶出したイオン種への細胞応答益枝拓也, 藤本和士, 大槻主税, 中村 仁第35回秋季シンポジウム2022年9月 14日公益社団法人日本セラミックス協会徳島
基調講演フェニル修飾リン酸ジルコニウムの生体模倣環境下でのイオン交換挙動山口廉弥, 藤本和士, 大槻主税, 中村 仁第35回秋季シンポジウム2022年9月 14日公益社団法人日本セラミックス協会徳島
基調講演有機修飾ケイ酸カルシウムから溶出する無機イオン種の解析廣道友亮, 藤本和士, 大槻主税, 中村 仁第35回秋季シンポジウム2022年9月 14日公益社団法人日本セラミックス協会徳島
基調講演環動ゲルのマルチスケール分子動力学シミュレーション：環状分子サイズと力学物性の相関篠原悠, 増本丈慶, 青村 幸典, 保田 侑亮, 眞弓 皓一, 藤本 和士, 横山 英明, 伊藤 耕三第71回高分子討論会2022年9月 7日公益社団法人高分子学会北海道
基調講演分子動力学法による高分子微粒子の物性評価１吉田昌太郎, 藤本和士第71回高分子討論会2022年9月 7日公益社団法人高分子学会北海道
基調講演全原子分子動力学法による水溶液中での伸長PEG結晶の溶解シミュレーション青村 幸典, 藤本 和士, 横山 英明, 眞弓 皓一, 伊藤 耕三第71回高分子討論会2022年9月 7日公益社団法人高分子学会北海道
基調講演分子動力学法による高分子微粒子の物性評価2吉田 昌太郎, 藤本 和士, 大槻 主税第71回高分子討論会2022年9月 6日公益社団法人高分子学会北海道
基調講演アクリレート/メタクリレート系ポリマー微粒子とその副産物の細胞毒性評価尾野 将也, 鈴木 駿道, 湊 遥香, 鈴木 大介, 大槻 主税, 藤本 和士第71回高分子討論会2022年9月 5日公益社団法人高分子学会北海道
基調講演高分子破壊の分子シミュレーションによるアプローチ藤本和士第98回高分子若手研究会[関西]2022年7月 9日高分子学会関西支部若手幹事会オンライン
基調講演全原子分子動力学計算による高分子の力学強度の分子論藤本和士第2回マルチスケールマテリアルモデリングシンポジウム（第7回マルチスケール材料力学シンポジウム）2022年5月 31日日本材料学会オンライン
論文Fracture and Toughening Mechanisms of Glassy Polymer at the Molecular Level査読有Kazushi FujimotoNihon Reoroji Gakkaishi50,1,37-412022年2月 15日10.1678/rheology.50.370387-1533
論文Three-dimensional free-energy landscape of hydrogen and oxygen molecules in polymer electrolyte membranes: Insight into diffusion paths査読有Tetsuro Nagai, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiThe Journal of Chemical Physics156,4,044507-0445072022年1月 28日10.1063/5.00759690021-9606Polymer electrolyte membranes, for example, the Nafion (TM) membranes, used in the fuel cells are responsible for separating reactive gas molecules as well as for the efficient exchange of protons. Although control of the permeation of the gases is important to enhance the fuel cell performance, the mechanism by which hydrogen and oxygen molecules permeate through the membranes remains unclear. To clarify the mechanism, we investigated the three-dimensional free-energy landscape of hydrogen and oxygen molecules in Nafion membranes with various water contents focusing on relevant diffusion paths. Low-free-energy paths are found mainly in the polymer phase and the interfacial region between the polymer and water phases. Thus, the path of the transportation may be attributed to the polymer phase and interfacial phases. However, the free-energy value in the aqueous phase is only slightly higher (& SIM;1-2 k(B)T) than that in the other two phases, which indicates that a secondary contribution from the aqueous phase is expected. The free-energy landscape in the polymer and interfacial phases was found rugged, while it is comparatively flat in the water phase. We also found that an increase in water content brings about a smoother free-energy landscape in the polymer and interfacial phases. The decreased ruggedness may facilitate the gas diffusivity. These observations help understand the molecular mechanism of the gas diffusion in the membranes.
基調講演Molecular Dynamics Study of Impact Tensile and Compressive Fracture of Amorphous PolymerKazushi Fujimoto, Zhiye Tang, Susumu OkazakiThe 2021 International Chemical Congress of Pacific Basin Societies (Pacifichem)2021年12月 21日
論文Momentum removal to obtain the position‐dependent diffusion constant in constrained molecular dynamics simulation査読有Kazushi Fujimoto, Tetsuro Nagai, Tsuyoshi YamaguchiJournal of Computational Chemistry42,30,2136-21442021年11月 15日10.1002/jcc.267420192-8651
論文All-atom molecular dynamics study of hepatitis B virus containing pregenome RNA in solution査読有Kazushi Fujimoto, Youhei Yamaguchi, Ryo Urano, Wataru Shinoda, Tetsuya Ishikawa, Katsumi Omagari, Yasuhito Tanaka, Atsushi Nakagawa, Susumu OkazakiThe Journal of Chemical Physics155,14,145101-1451012021年10月 14日10.1063/5.00657651089-7690
基調講演自由エネルギーと位置に依存した拡散係数による 高分子電解質膜におけるガス分子の物質輸送の解明永井哲郎, 藤本和士, 岡崎進第15回分子科学討論会2021年9月 21日分子科学会北海道大学
基調講演分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の誘電分散とその分子論的起源金子敏宏, 藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 岡崎進第15回分子科学討論会2021年9月 20日分子科学会北海道大学
基調講演分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の熱物性の分子論的起源藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 金子敏宏, 岡崎進第15回分子科学討論会2021年9月 20日分子科学会北海道大学
基調講演全原子分子動力学法による、ガラス状高分子の破壊メカニズムの分子論藤本和士第105回高分子材料セミナー2021年6月 7日公益社団法人 日本材料学会オンライン
論文A comparison of the brittle PMMA with the ductile PC on the elasticity and yielding from a molecular dynamics perspective査読有Zhiye Tang, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiPolymer226,,123809-1238092021年6月 10.1016/j.polymer.2021.1238090032-3861
基調講演位置に依存した拡散係数の新規評価手法の開発：大規模不均一系における物質輸送解明にむけて永井哲郎, 藤本和士, 岡崎進第23回理論化学討論会2021年5月 14日理論化学会オンライン
基調講演PMMAの溶剤塗布による破壊の分子シミュレーション下岡 稔, 藤本和士第23回理論化学討論会2021年5月 13日理論化学会オンライン
基調講演全原子分子動力学法による衝撃破壊のミクロ描像藤本和士20-2高分子学会講演会 高分子材料による接着とその破壊2021年2月 5日
論文全原子分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の誘電分散とその分子論的起源金子敏宏, 藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 岡崎進分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)15th,,-2021年
論文分子動力学算によるp-ヒドロキシ安息酸合体結晶の熱物性の分子的起源藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 金子敏宏, 岡崎進分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)15th,,-2021年
論文Position-Dependent Diffusion Constant of Molecules in Heterogeneous Systems as Evaluated by the Local Mean Squared Displacement査読有Tetsuro Nagai, Shuhei Tsurumaki, Ryo Urano, Kazushi Fujimoto, Wataru Shinoda, Susumu OkazakiJournal of Chemical Theory and Computation16,12,7239-72542020年12月 8日10.1021/acs.jctc.0c004481549-9626The authors propose a novel method to evaluate the position-dependent diffusion constant by analyzing unperturbed segments of a trajectory determined by the additional flat-bottom potential. The accuracy of this novel method is first established by studying homogeneous systems, where the reference value can be obtained by the Einstein relation. The applicability of this new method to heterogeneous systems is then demonstrated by studying a hydrophobic solute near a hydrophobic wall. The proposed method is also comprehensively compared with popular conventional methods, whereby the significance of the present method is illustrated. The novel method is powerful and useful for studying kinetics in heterogeneous systems based on molecular dynamics calculations.
基調講演オルトケイ酸のモデル細胞膜透過自由エネルギー計算弦巻周平, 中村仁, 藤本和士第1回溶液化学若手の会オンラインシンポジウム2020年10月 30日
論文All-atom molecular dynamics study of impact fracture of glassy polymers. II: Microscopic origins of stresses in elasticity, yielding, and strain hardening査読有Zhiye Tang, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiPolymer207,20,122908-1229082020年10月 10.1016/j.polymer.2020.1229080032-3861
論文全原子分子動力学計算法による高分子破壊シミュレーション藤本和士アンサンブル22,4,289-2932020年10月
基調講演全原子分子動力学計算による、ガラス状高分子の延伸及び圧縮破壊の分子論的研究藤本和士, 石川博章, 湯之也, 岡崎進第69回高分子科学討論会2020年9月 18日
著書ポリマーの強靭化技術最前線 破壊機構、分子結合制御、しなやかタフポリマーの開発藤本和士, 湯之也, 岡崎進株式会社エヌ・ティー・エス2020年5月 9784860436681
論文Free energy profile of permeation of Entecavir through Hepatitis B virus capsid studied by molecular dynamics calculation査読有Kazushi Fujimoto, Motohiro Fukai, Ryo Urano, Wataru Shinoda, Tetsuya Ishikawa, Katsumi Omagari, Yasuhito Tanaka, Atsushi Nakagawa, Susumu OkazakiPure and Applied Chemistry,,-2020年10.1515/pac-2020-01090033-4545©2020 IUPAC & De Gruyter. This work is licensed under a Creative Commons Attribution-NonCommercial-NoDerivatives 4.0 International License. For more information, please visit: http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/ 2020. Entecavir, triphosphorylated in liver cells, is an antiviral reagent against Hepatitis B virus (HBV). The reagent inhibits reverse transcription of RNA inside the virus capsid. In the present study, free energy profile of an Entecavir triphosphate (ETVTP) molecule has been calculated when it passes through pores of the capsid along two-and three-fold rotational symmetry axes in order to investigate permeation pathway of the reagent to the inside of the capsid. The calculations have been done based on thermodynamic integration (TI) method combined with all-Atomistic molecular dynamic (MD) calculations. A free energy minimum of-19 kJ/mol was found at the entrance of the pore from the outside along the three-fold symmetry axis. This stabilization is from the interaction of negatively charged ETVTP with positively charged capsid methionine residues. This excess free energy concentrates of the reagent at the entrance of the pore by a factor of about 2000. A free energy barrier of approximately 13 kJ/mol was also found near the exit of the pore to the inside of the capsid due to narrow space of the pore surrounded by hydrophobic wall made by proline residues and negatively charged wall by aspartic acid residues. There, ETVTP is partially dehydrated in order to pass through the narrow space, which causes the great free energy loss. Further, the negatively charged residues produce repulsive forces on the ETVTP molecule. In contrast, in the case of the pore along the two-fold symmetry axis, the calculated free energy profile showed shallower free energy minimum,-4 kJ/mol at the entrance in spite of the similarly high barrier, 7 kJ/mol, near the exit of the pore.
基調講演All-atom Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy PolymersK. Fujimoto, Z. Tang, S. OkazakiMaterials Research Meeting 20192019年12月 10日横浜シンポジア
基調講演Dynamics of Rings and Polymer in Polyrotaxane Studied by Molecular Dynamics Simulations and Quasi-Elastic Neutron Scattering ExperimentsYusuke Yasuda, Yuta Hidaka, Koichi Mayumi, Takeshi Yamada, Kazushi Fujimoto, Susumu Okazaki, Hideaki Yokoyama, Kohzo ItoMaterials Research Meeting 20192019年12月 10日Yokohama, Japan
基調講演Molecular Dynamics Study of Compressive Fracture of Glassy PolymersH. Ishikawa, K. Fujimoto, Z. Tang, S. OkazakiMaterials Research Meeting 20192019年12月 10日横浜シンポジア
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究藤本和士, 湯 之也, 岡崎 進第33回分子シミュレーション討論会2019年12月 9日名古屋市公会堂
基調講演次期スパコン「富岳」での大規模・長時間分子動力学計算実現のためのソフトウェアMODYLASの性能向上安藤嘉倫, 坂下達哉, 張家超, 朱喆, 浦野諒, 藤本和士, 吉井範行, 岡崎進第33回分子シミュレーション討論会2019年12月 9日名古屋市公会堂
論文Molecular dynamics study of solubilization of cyclohexane, benzene, and phenol into mixed micelles composed of sodium dodecyl sulfate and octaethylene glycol monododecyl ether査読有Kosuke Takeda, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiJournal of Computational Chemistry40,31,2722-2729-2019年12月 5日
論文全原子分子動力学計算によるガラス状高分子衝撃破壊の分子論藤本 和士日本化学会情報化学部会誌37,4,99-2019年12月 10.11546/cicsj.37.990913-3747
基調講演Molecular Dynamics of Polyrotaxane in SolutionYusuke Yasuda, Yuta Hidaka, Koichi Mayumi, Takeshi Yamada, Kazushi Fujimoto, Susumu Okazaki, Hideaki Yokoyama, Kohzo Ito2nd GLowing Polymer Symposium in KANTO2019年11月 30日東京理科大学 葛飾キャンパス
基調講演全原子分子動力学法による高分子衝撃破壊の分子論藤本和士2019年度高分子シミュレーション技術セミナー討論会（11月度例会）2019年11月 11日公益社団法人新化学技術推進協会 先端化学・材料技術部会コンピュータケミストリ分科会 高分子ＷＧ静岡
基調講演高分子衝撃破壊の分子論藤本和士JSOL CAEフォーラム 20192019年11月 6日株式会社JSOL東京
論文Development of dissociative force field for all-atomistic molecular dynamics calculation of fracture of polymers査読有Kazushi Fujimoto, Rajdeep Singh Payal, Tomonori Hattori, Wataru Shinoda, Masayuki Nakagaki, Sigeyoshi Sakaki, Susumu OkazakiJournal of Computational Chemistry40,,2571-2576-2019年11月 5日
基調講演All-atom Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy Polymers: On the Yielding PhenomenonZ. Tang, K. Fujimoto, S. OkazakiThe 5th International Conference on Molecular Simulation2019年11月 3日
基調講演All-atom Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy PolymersKazushi Fujimoto, Zhyie Tang, Susumu OkazakiThe 5th International Conference on Molecular Simulation2019年11月 3日
基調講演A new method to obtain position dependent-diffusion constant with flat-bottom potentialT. Nagai, S. Tsurumaki, K. Fujimoto, S. OkazakiThe 5th International Conference on Molecular Simulation2019年11月 3日
基調講演Molecular Dynamics Study of Impact Fracture of Glassy Polymers : Compressive FractureH. Ishikawa, K. Fujimoto, Z. Tang, S. OkazakiThe 5th International Conference on Molecular Simulation2019年11月 3日
基調講演不均一系における位置に依存した拡散係数の新規評価手法永井哲郎, 弦巻周平, 藤本和士, 岡崎進計算物質科学人材育成コンソーシアム（PCoMS）シンポジウム ＆計算物質科学スーパーコンピュータ事業報告会2019年10月 24日
基調講演高分子材料の全原子計算藤本和士第8回材料系ワークショップ〜「富岳」時代の 材料系シミュレーションの最前線2019年10月 18日一般財団法人 高度情報科学技術研究機構東京
基調講演一本鎖ポリロタキサンの分子ダイナミクス保田侑亮, 日高悠太, 眞弓晧一, 山田武, 藤本和士, 岡崎進, 横山英明, 伊藤耕三第67回レオロジー討論会2019年10月 16日
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究藤本 和士, 湯 之也, 岡崎 進第68回高分子討論会2019年9月 25日福井大学文京キャンパス
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究:ミクロの視点における降伏現象の解明湯 之也, 藤本 和士, 篠田 渉, 岡崎 進第68回高分子討論会2019年9月 25日福井大学文京キャンパス
基調講演非晶高分子衝撃破壊に関する分子論的研究Ⅲ：圧縮破壊石川博章, 藤本和士, 湯之也, 岡崎進第68回高分子討論会2019年9月 25日福井大学文京キャンパス
基調講演ポリロタキサンの内部運動モード保田 侑亮, 日高 悠太, 眞弓 晧一, 山田 武, 藤本 和士, 岡崎 進, 横山 英明, 伊藤 耕三第68回高分子討論会2019年9月 25日福井
基調講演B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算R.Urano, K. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, W. Shinoda, S. Okazaki第57回日本生物物理学会年会2019年9月 24日宮崎県・シーガイアコンベンションセンター
基調講演B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進第13回分子科学討論会2019年9月 17日名古屋大学東山キャンパス
基調講演Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution by all-atom molecular dynamics calculationK. Fujimoto, Y. Yamaguchi, R. Urano, W. Shinoda, T. Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka, A. Nakagawa, S. OkazakiJoint EMLG/JMLG conference 20192019年9月 8日GASK(Kutna Hora,Czech Republic)
論文All-atom molecular dynamics study of impact fracture of glassy polymers. I: Molecular mechanism of brittleness of PMMA and ductility of PC査読有Kazushi Fujimoto, Zhiye Tang, Wataru Shinoda, Susumu OkazakiPolymer178,,121570-1215702019年9月 10.1016/j.polymer.2019.121570
基調講演Novel method to evaluate position-dependent diffusion constant of small molecules in heterogeneous systemsT. Nagai, S. Tsurumaki, R. Urano, K. Fujimoto, W. Shinoda, S. Okazakithe 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019)2019年8月 4日中国西寧市
基調講演Molecular study of hepatitis B virus with pgRNA in the solution by molecular dynamics calculationK. Fujimoto, Y. Yamaguchi, R. Urano, W. Shinoda, T.Ishikawa, K. Omagari, Y. Tanaka, A. Nakagawa, S. Okazakiathe 36th International Conference on Solution Chemistry (ICSC2019)2019年8月 4日中国西寧市
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 I：延性と脆性藤本和士, 湯之也, 篠田渉, 岡崎進第68回高分子学会年次大会2019年5月 29日
基調講演ポリロタキサンの溶液中における分子ダイナミクス保田侑亮, 日高悠太, 眞弓晧一, 山田武, 藤本和士, 岡崎進, 横山英明, 伊藤耕三第68回高分子年次大会2019年5月 29日
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 II：分子論的解釈湯之也, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第68回高分子学会年次大会2019年5月 29日
基調講演全原子分子動力学計算による純ブタジエンゴム破壊の分子機構の研究パヤル ラジディープ, 藤本和士, ジャン チャンウーン, 篠田渉, 武井祐樹, 島広志, 角田克彦, 岡崎進第68回高分子学会年次大会2019年5月 29日
基調講演非晶高分子衝撃破壊に関する分子論的研究Ⅲ：圧縮破壊石川博章, 藤本和士, 湯之也, 岡崎進第68回高分子学会年次大会2019年5月 29日
基調講演ガラス状高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究藤本和士, 湯之也, 篠田渉, 岡崎進第22回理論化学討論会2019年5月 27日
基調講演不均一系の物質輸送の理解に向けた小分子の位置に依存する自己拡散係数評価方法の確立弦巻周平, 浦野諒, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第22回理論化学討論会2019年5月 27日
基調講演抗B型肝炎ウイルス(HBV)薬剤分子のカプシド内部への吸収の自由エネルギー浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進第22回理論化学討論会2019年5月 27日
基調講演非晶高分子の圧縮破壊に関する分子論的研究石川博章, 藤本和士, 湯之也, 岡崎進第22回理論化学討論会2019年5月 27日
論文Molecular Dynamics of Polyrotaxane in Solution Investigated by Quasi-Elastic Neutron Scattering and Molecular Dynamics Simulation: Sliding Motion of Rings on Polymer査読有Yusuke Yasuda, Yuta Hidaka, Koichi Mayumi, Takeshi Yamada, Kazushi Fujimoto, Susumu Okazaki, Hideaki Yokoyama, Kohzo ItoJournal of the American Chemical Society141,24,9655-9663-2019年5月 15日
論文Molecular mechanism of material deformation and failure in butadiene rubber: Insight from all-atom molecular dynamics simulation using a bond breaking potential model査読有Rajdeep Singh Payal, Kazushi Fujimoto, Changwoon Jang, Wataru Shinoda, Yuki Takei, Hiroshi Shima, Katsuhiko Tsunoda, Susumu OkazakiPolymer170,,113-1192019年4月 10.1016/j.polymer.2019.03.006
論文B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子のカプシド内部の自由エネルギー計算浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)13th,,-2019年
論文B型肝炎ウイルス(HBV)への逆転写阻害薬剤分子の自由エネルギー計算によるカプシド内部への吸収・透過機構の解明浦野諒, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集33rd,,-2019年
基調講演Molecular Study of Impact Fracture of Amorphous Polymer Ⅰ: Brittle Material - PMMAKazushi Fujimoto, Zhiye Tang, Rajdeep Payal, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki28th Annual Meeting of MRS-Japan 20182018年12月 18日北九州国際会議場（福岡県北九州市）
基調講演A molecular dynamics study of the molecular origin of the ductile rupture of PCZhiye Tang, Kazushi Fujimoto, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki28th Annual Meeting of MRS-Japan 20182018年12月 18日北九州国際会議場（福岡県北九州市）
基調講演Empirical Valence BondのMODYALSへの実装藤本和士ポスト「京」重点課題5「エネルギーの高効率な創出，変換・貯蔵，利用の新規基盤技術の開発」第5回公開シンポジウム2018年12月 12日北海道大学（北海道札幌市）
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究II：分子論的解釈湯之也, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第32回分子シミュレーション討論会2018年11月 28日産業技術総合研究所（茨城県つくば市）
基調講演分子動力学計算によるポリスチレンの衝撃破壊における分子論伊藤直紀, 藤本和士, 湯之也, 篠田 渉, 岡崎 進第32回分子シミュレーション討論会2018年11月 28日産業技術総合研究所（茨城県つくば市）
基調講演分子動力学法を用いた pregenome RNA を内包したB型肝炎ウイルスの物性解明山口陽平, 今井甫, 藤本和士, 浦野諒, 篠田渉, 尾曲克己, 田中靖人, 石川哲也, 中川敦史, 岡崎進第32回分子シミュレーション討論会2018年11月 28日産業技術総合研究所（茨城県つくば市）
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究I:延性と脆性藤本和士, 湯之也, Rajdeep Payal篠田渉, 岡崎進第32回分子シミュレーション討論会2018年11月 28日産業技術総合研究所（茨城県つくば市）
基調講演不均一系の物質輸送の理解に向けて、位置に依存する自己拡散係数の再検討弦巻周平, 浦野諒, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第32回分子シミュレーション討論会2018年11月 28日産業技術総合研究所（茨城県つくば市）
基調講演Elucidation of physical properties of hepatitis B virus containing pregenome RNA by molecular dynamics simulationYouhei Yamaguchi, Hajime Imai, Kazushi Fujimoto, Ryo Urano, Wataru Shinoda, Katsumi Omagari, Yasuhito Tanaka, Tetsuya Ishikawa, Atsushi Nakagawa, Susumu OkazakiJoint Conference of EMLG/JMLG Meeting 2018 and 41st Symposium on Solution Chemistry of Japan2018年11月 5日
基調講演大規模分子動力学計算-生体分子から高分子材料まで藤本和士近畿化学協会 コンピュータ化学部会 第103回例会2018年10月 26日近畿化学協会コンピュータ化学部会大阪
基調講演非晶性高分子材料の破壊の分子シミュレーション藤本和士高分子計算機科学研究会2018年10月 15日東京
基調講演高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究藤本和士, 湯 之也, 篠田 渉, 岡崎 進第12回分子科学討論会2018年9月 10日福岡国際会議場（福岡県福岡市）
基調講演All-Atomistic Molecular Dynamics Calculation of Impact Fracture of Glassy PolymersK. Fujimoto, W. Shinoda, S. OkazakiFirst International Conference on 4D Materials and Systems (4DMS) 第1回 4Dマテリアル・システムに関する国際会議2018年8月 26日山形大学工学部キャンパス（山形県米沢市）
基調講演ガラス状高分子PMMAの衝撃破壊に関する分子論的研究藤本和士, 服部智成, 篠田 渉, 岡崎 進第21回理論化学討論会2018年5月 15日岡崎カンファレンスセンター（岡崎市）
論文Free energy change of micelle formation for sodium dodecyl sulfate from a dispersed state in solution to complete micelles along its aggregation pathways evaluated by chemical species model combined with molecular dynamics calculations査読有Noriyuki Yoshii, Mika Komori, Shinji Kawada, Hiroaki Takabayashi, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiWuli Huaxue Xuebao/ Acta Physico - Chimica Sinica34,10,1163-11702018年4月 13日10.3866/PKU.WHXB2018022711000-6818Surfactant molecules, when dispersed in solution, have been shown to spontaneously form aggregates. Our previous studies on molecular dynamics (MD) calculations have shown that ionic sodium dodecyl sulfate molecules quickly aggregated even when the aggregation number is small. The aggregation rate, however, decreased for larger aggregation numbers. In addition, studies have shown that micelle formation was not completed even after a 100 ns-long MD run (Chem. Phys. Lett. 2016, 646, 36). Herein, we analyze the free energy change of micelle formation based on chemical species model combined with molecular dynamics calculations. First, the free energy landscape of the aggregation, ∆G† i+j, where two aggregates with sizes i and j associate to form the (i + j)-mer, was investigated using the free energy of micelle formation of the i-mer, Gi†, which was obtained through MD calculations. The calculated ∆G† i+j was negative for all the aggregations where the sum of DS ions in the two aggregates was 60 or less. From the viewpoint of chemical equilibrium, aggregation to the stable micelle is desired. Further, the free energy profile along possible aggregation pathways was investigated, starting from small aggregates and ending with the complete thermodynamically stable micelles in solution. The free energy profiles, G(l, k), of † the aggregates at l-th aggregation path and k-th state were evaluated by the formation free energy Σ ni (l,k)Giand the i free energy of mixingΣ ni (l,k)kBTln(ni (l,k) / n(l,k)), where ni(l, k) is the number of i-mer in the system at the l-th i Σ i i aggregation path and k-th state, with n(l,k) (l,k) = n. All the aggregation pathways were obtained from the initial state of 12 pentamers to the stable micelle with i = 60. All the calculated G(l, k) values monotonically decreased with increasing k. This indicates that there are no free energy barriers along the pathways. Hence, the slowdown is not due to the thermodynamic stability of the aggregates, but rather the kinetics that inhibit the association of the fragments. The time required for a collision between aggregates, one of the kinetic factors, was evaluated using the fast passage time, tFPT. The calculated tFPT was about 20 ns for the aggregates with N = 31. Therefore, if aggregation is a diffusion-controlled process, it should be completed within the 100 ns-simulation. However, aggregation does not occur due to the free energy barrier between the aggregates, that is, the repulsive force acting on them. This may be caused by electrostatic repulsions produced by the overlap of the electric double layers, which are formed by the negative charge of the hydrophilic
基調講演分子動力学計算を用いた溶液内両親媒性分子の分子論的研究藤本和士電気化学会第85回大会2018年3月 9日
基調講演分子動力学法による電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分子論的解明島航平, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第31回分子シミュレーション討論会2017年11月 29日金沢商工会議所
基調講演分子動力学法を用いた抗B型肝炎薬のウイルスカプシド透過機構の研究深井基裕, 浦野諒, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第31回分子シミュレーション討論会2017年11月 29日金沢商工会議所
基調講演pg-RNAを内包したB型肝炎ウイルスの全原子分子動力学シミュレーション山口陽平, 今井甫, 藤本和士, 浦野諒, 尾曲克己, 田中靖人, 石川哲也, 中川敦史, 篠田渉, 岡崎進第31回分子シミュレーション討論会2017年11月 29日金沢商工会議所
基調講演分子動力学計算を用いたガラス状高分子衝撃破壊の分子論的研究藤本和士, 服部智成, 篠田渉, 岡崎進第31回分子シミュレーション討論会2017年11月 29日金沢商工会議所
基調講演分子動力学計算を用いた溶液内両親媒性分子の分子論的研究藤本和士第40回溶液化学シンポジウム2017年10月 18日溶液化学研究会イーグレひめじ(あいめっせホール)（兵庫県姫路市）
基調講演分子動力学法を用いた抗B型肝炎薬のウイルスカプシド透過機構解明深井基裕, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第40回溶液化学シンポジウム2017年10月 18日溶液化学研究会イーグレひめじ(あいめっせホール)（兵庫県姫路市）
基調講演電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分子論的解明島航平, 小嶋秀和, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第40回溶液化学シンポジウム2017年10月 18日イーグレひめじ(あいめっせホール)（兵庫県姫路市）
基調講演分子動力学計算を用いた非晶性高分子衝撃破壊の分子論的研究藤本和士, 服部智成, 篠田渉, 岡崎進第66回高分子討論会2017年9月 19日愛媛大学城北キャンパス
基調講演電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分子論的解明島航平, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第11回分子科学討論会2017年9月 15日東北大学
論文生体高分子－タンパク質－の分子動力学シミュレーション藤本和士, 岡崎進高分子66,10,552-554-2017年9月
基調講演Molecular Mechanism of Impact Fracture in Polymers Materials: Glassy PolymersKazushi Fujimoto, Tomonari Hattori, Wataru Shinoda, Susumu OkazakiHokkaido University-ImPACT Joint Symposium on Advanced Soft Matter: From Single Molecule to Tough Polymers2017年8月 7日北海道大学
論文Molecular dynamics study of the potential of mean force of SDS aggregates査読有Shinji Kawada, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS147,8,-2017年8月 10.1063/1.49985490021-9606In our previous study, all-atomistic molecular dynamics (MD) calculations have been carried out for the aggregation of ionic sodium dodecyl sulfate in water [S. Kawada et al., Chem. Phys. Lett. 646, 36 (2016)]. Aggregates of 20-30 dodecyl sulfate ions were formed within a short MD run for 10 ns. However, further aggregation did not occur despite a long MD calculation for more than 100 ns. This suggests that strong electrostatic repulsive interactions between the aggregates prevent the fusion of the aggregates. In the present study, mean force and potential of mean force acting between two aggregates with aggregation number N = 30 were evaluated as a function of their separation by MD calculations. The repulsive force becomes strong with decreasing distance between the two aggregates before they merge into one. An origin of the repulsive force is an electric double layer formed by the sulfate group and counter sodium ions. Strength of the repulsive force is in good agreement with the theoretical value given by the Derjaguin-Landau-Verwey-Overbeek (DLVO) theory. Once the aggregates establish contact, the force between them turns to be a large attractive force that can be explained by the interfacial tension. In order to form a single micelle from the two aggregates, it is necessary for them to climb over a free energy barrier of 23 kJ/mol. Once, the barrier is overcome, the micelle is stabilized by similar to 200 kJ/mol. The time constant of aggregation evaluated from the calculated free energy barrier was about 28 mu s at the concentration in our previous study. Published by AIP Publishing.
論文Spherical harmonics analysis of surface density fluctuations of spherical ionic SDS and nonionic C12E8 micelles: A molecular dynamics study査読有Noriyuki Yoshii, Yuki Nimura, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS147,3,-2017年7月 10.1063/1.49946980021-9606The surface structure and its fluctuation of spherical micelles were investigated using a series of density correlation functions newly defined by spherical harmonics and Legendre polynomials based on the molecular dynamics calculations. To investigate the influence of head-group charges on the micelle surface structure, ionic sodium dodecyl sulfate and nonionic octaethyleneglycol monododecylether (C12E8) micelles were investigated as model systems. Large-scale density fluctuations were observed for both micelles in the calculated surface static structure factor. The area compressibility of the micelle surface evaluated by the surface static structure factor was tens-of-times larger than a typical value of a lipid membrane surface. The structural relaxation time, which was evaluated from the surface intermediate scattering function, indicates that the relaxation mechanism of the long-range surface structure can be well described by the hydrostatic approximation. The density fluctuation on the two-dimensional micelle surface has similar characteristics to that of three-dimensional fluids near the critical point. Published by AIP Publishing.
基調講演分子動力学計算による高分子破壊現象の分子論的研究：ガラス性高分子藤本和士, 埜﨑寛雄, パヤル ラジディープ, 服部智成, 伊藤直紀, 中垣雅之, 榊茂好, 篠田渉, 岡崎進第66回高分子学会年次大会2017年5月 29日幕張メッセ
基調講演Molecular Modeling of Stress Failure in Polymer Materials: Butadiene RubberRajdeep Singh Payal, Kazushi Fujimoto, Yuki Takei, Hiroshi Shima, Wataru Shinoda, Susumu Okazaki第66回高分子学会年次大会2017年5月 29日幕張メッセ
論文Detailed Structural Analysis of a Self-Assembled Vesicular Amphiphilic NCN-Pincer Palladium Complex by Using Wide-Angle X-Ray Scattering and Molecular Dynamics Calculations査読有Go Hamasaka, Tsubasa Muto, Yoshimichi Andoh, Kazushi Fujimoto, Kenichi Kato, Masaki Takata, Susumu Okazaki, Yasuhiro UozumiCHEMISTRY-A EUROPEAN JOURNAL23,6,1291-12982017年1月 10.1002/chem.2016034940947-6539Wide-angle X-ray scattering experiments and allatomistic molecular dynamics calculations were performed to elucidate the detailed structure of bilayer vesicles constructed by self-assembly of an amphiphilic palladium NCNpincer complex. We found an excellent agreement between the experimental and calculated X-ray spectra, and between the membrane thickness determined from a TEM image and that calculated from an electron-density profile, which indicated that the calculated structure was highly reliable. The analysis of the simulated bilayer structure showed that in general the membrane was softer than other phospholipid bilayer membranes. In this bilayer assemblage, the degree of alignment of complex molecules in the bilayer membrane was quite low. An analysis of the electron-density profile shows that the bilayer assemblage contains a space through which organic molecules can exit. Furthermore, the catalytically active center is near this space and is easily accessible by organic molecules, which permits the bilayer membrane to act as a nanoreactor. The free energy of permeation of water through the bilayer membrane of the amphiphilic complex was 12 kJmol(-1), which is much lower than that for phospholipid bilayer membranes in general. Organic molecules are expected to pass though the bilayer membrane. The self-assembled vesicles were shown to be catalytically active in a Miyaura-Michael reaction in water.
論文Molecular dynamics study of the aggregation rate for zwitterionic dodecyldimethylamine oxide and cationic dodecyltrimethylammonium chloride micelles査読有Kazushi Fujimoto, Yousuke Kubo, Shinji Kawada, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiMOLECULAR SIMULATION43,13-16,1331-13372017年10.1080/08927022.2017.13285570892-7022We studied dynamic scaling law for the early stage domain growth in the micelle aggregation process of dispersed surfactant molecules in water for zwitterionic dodecyldimethylamine oxide (DDAO) and cationic dodecyltrimethylammonium chloride (DTAC) based on all-atomistic molecular dynamics calculations. For both surfactants, the aggregation number N increases in proportion to t(alpha)', where t and alpha' are the simulation time and exponent of the dynamic scaling, respectively. When the aggregation is controlled by diffusion, it follows the well-known Lifshitz-Slyozov (LS) law giving the exponent alpha' = 1. The values of a' obtained for DDAO and DTAC are 0.6 and 0.3, respectively, indicating that the aggregation rate is suppressed compared with purely diffusion controlled LS process. The aggregation of DDAO and DTAC may be partly controlled by electrostatic interaction between the aggregates.
論文ベシクル状自己組織化両親媒性ピンサー型錯体の形成・構造解析・触媒機能浜坂剛, 浜坂剛, 武藤翼, 武藤翼, 安藤嘉倫, 藤本和士, 加藤健一, 高田昌樹, 岡崎進, 魚住泰広, 魚住泰広, 魚住泰広, 魚住泰広触媒討論会討論会A予稿集120th,,-2017年1343-9936
論文A molecular dynamics study of local pressures and interfacial tensions of SDS micelles and dodecane droplets in water査読有Masahiro Kitabata, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS144,22,224701-1-9-2016年6月 10.1063/1.49534050021-9606To obtain the radial (normal) and lateral (transverse) components of the local pressure tensor, P-N(R) and P-T(R), respectively, and the interfacial tension of micelles, molecular dynamics (MD) calculations were performed for spherical sodium dodecyl sulfate (SDS) micelles. The local pressure tensor was calculated as a function of radial distance R using the Irving-Kirkwood formula. Similar MD calculations were also carried out for an n-dodecane droplet in water to compare the differences in the local pressure and interfacial tension values with those of the micelles. The calculated interfacial tensions were 20 +/- 5 and 44 +/- 10 mN/m for the SDS micelles and dodecane droplets, respectively. The excess free energies due to the interfacial tension were 340 and 1331 kJ/mol for the SDS micelle and dodecane droplet, respectively. The micelles are stabilized by 991 kJ/mol by covering their hydrophobic cores with hydrophilic groups. The dodecane droplet has a large interfacial tension caused by the zero or positive values of P-N(R) - P-T(R) at all values of R. In contrast, the small interfacial tension in the SDS micelles comes from the negative P-N(R) - P-T(R) values over a wide range of R. The pressure difference between the inside and outside of the oil droplet and its interfacial tension well satisfies the Laplace equation. However, the hydrophobic core of the SDS micelle is quite different from the liquid alkane, and the SDS micelles do not follow Laplace's picture. Decomposing the interfacial tension into contributions from various interactions, it is found that those between charged and polar groups dominate the interfacial tension of the SDS micelles. The positive electrostatic potential (1.3 V) on the micelle surface and the negative potential (-0.15 V) on the oil droplet contribute to the interfacial tensions by 19 and 0.5 mN/m, respectively. Thus, the interfacial tension of the SDS micelles is produced by electrostatic interactions, in contrast to the dodecane droplet. Published by AIP Publishing.
論文G-Protein/β-Arrestin-Linked Fluctuating Network of G-Protein-Coupled Receptors for Predicting Drug Efficacy and Bias Using Short-Term Molecular Dynamics Simulation査読有Osamu Ichikawa, Kazushi Fujimoto, Atsushi Yamada, Susumu Okazaki, Kazuto YamazakiPLOS ONE11,5,-2016年5月 10.1371/journal.pone.01558161932-6203
論文Molecular dynamics study of the structure of anionic SDS, cationic DTAC, zwitterionic DDAO, and nonionic C12E8 spherical micelles in solution査読有Noriyuki Yoshii, Kazushi Fujimoto, Susumu OkazakiJOURNAL OF MOLECULAR LIQUIDS217,,99-1022016年5月 10.1016/j.molliq.2015.12.0620167-7322Molecular dynamics calculations for anionic SOS, cationic DTAC, zwitterionic DDAO, nonionic C12E8 micelles, and dodecane droplets as a reference, were carried out in order to obtain the relation between the head group charges and structure of the micelle. The radial density profile of the carbon atom of hydrophobic tail shows a low-density region at the micelle center, where small hydrophobic solutes may be solubilized. This is commonly found among the micelles investigated in the present study. This indicates that the deep part of the micelle core is not influenced by the head group charges. In contrast, structure of surface of the hydrophobic core of the micelles is strongly influenced by the head groups. Fluctuation of the surface of the ionic SDS micelle is restricted by the strong Coulombic interaction between the charges of the sulfate groups and counter sodium ions. In the other micelles, this effect disappears so that a large fluctuation occurs on the micelle surface. The volume of solvent water decreases when the ionic SDS and DTAC micelles dissolved into water. Because of the strong electrostatic field around the micelle, orientation of water molecules has strong correlations with the micelles. Then, the tetrahedral water structure breaks. In particular, the density increases around the SDS micelles because of the strong attraction toward the sulfate groups. Thus, the volume shrinkage occurs. (C) 2015 Elsevier B.V. All rights reserved.
論文Molecular dynamics study of the formation mechanisms of ionic SDS and nonionic C12E8 micelles and n-dodecane droplets査読有Shinji Kawada, Mika Komori, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiCHEMICAL PHYSICS LETTERS646,,36-402016年2月 10.1016/j.cplett.2015.12.0620009-2614In order to clarify the early-stage kinetics of micelle formation in concentrated surfactant solutions, all-atom molecular dynamics (MD) calculations of the aggregation of surfactant molecules dispersed in water were performed for ionic sodium dodecyl sulfate (SDS), nonionic octaethyleneglycol monododecyl ether (C12E8), and n-dodecane. The relationship between aggregate domain length and elapsed time from the beginning of the MD calculation obeyed the well-known Lifshitz-Slyozov (LS) law for C12E8 and n-dodecane. In contrast, the aggregation rate of SDS did not obey the LS law. This difference is likely due to the differences in strength of the electrostatic interactions between the aggregates. (C) 2016 Elsevier B.V. All rights reserved.
論文A molecular dynamics study of the breathing and deforming modes of the spherical ionic SDS and nonionic C12E8 micelles査読有Lin Wang, Kazushi Fujimoto, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS144,3,034903-1-7-2016年1月 10.1063/1.49400310021-9606In order to investigate shape of the micelles and its thermal fluctuations, molecular dynamics calculations have been performed for spherical ionic sodium dodecyl sulfate (SDS) and nonionic octaethyleneglycol monododecyl ether (C12E8) micelles. New statistical functions suitable for extracting the fluctuations of the shape of the spherical micelles were defined using spherical harmonics and Legendre polynomials. The breathing and deforming modes of the SDS and C12E8 micelles were analyzed in detail based on these new functions. The elastic nature of the micelle core was also discussed. The present analysis gives a new molecular picture that the micelle shape is a superposition of the various kinds of breathing and deforming modes, and each mode has a specific relaxation time of the shape fluctuation. (C) 2016 AIP Publishing LLC.
論文ポリオウィルス-レセプター間相互作用の分子論的研究藤本和士, 水谷圭介, 小嶋秀和, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集30th,,-2016年
論文分子動力学計算を用いた,ポリオウィルスのCD155レセプター結合の研究藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭介, 遠藤祐太, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進溶液化学シンポジウム講演要旨集39th,,-2016年
論文GPUマシンでシミュレーション タンパク質のフォールディング計算がより手軽に藤本和士化学70,6,66 -67-2015年6月
基調講演ウィルスカプシドをモデル化した荷電球殻内における電解質水溶液の物理化学的研究藤本 和士, Faten Hakim, 小嶋 秀和, 安藤 嘉倫, 吉井 範行, 篠田 渉, 岡崎 進第18回理論化学討論会2015年5月 20日大阪、大阪大学
論文高並列対応汎用分子動力学シミュレーションソフトMODYLASによる大規模分子動力学計算安藤 嘉倫, 吉井 範行, 藤本 和士, 小嶋 秀和, 山田 篤志, 岩橋 建輔, 水谷 文保, 岡崎 進ハイパフォーマンスコンピューティングと計算科学シンポジウム論文集,2015,90-902015年5月 12日
論文MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program査読有Noriyuki Yoshii, Yoshimichi Andoh, Kazushi Fujimoto, Hidekazu Kojima, Atsushi Yamada, Susumu OkazakiINTERNATIONAL JOURNAL OF QUANTUM CHEMISTRY115,5,342-3482015年3月 10.1002/qua.248410020-7608A large number of molecular dynamics (MD) simulations have been carried out so far on personal computer clusters and conventional supercomputers using general-purpose MD software such as NAMD, GROMACS, CHARMM, and AMBER. The development of MD simulation program is closely related to the architecture of the computers. Recent trend of MD simulation is headed to large-scale calculation, long-time calculation of small systems, and calculation for large statistics. The most challenging one is the large-scale calculation. To realize the large-scale calculation, we have to efficiently control the massively parallel supercomputers with several 10 thousands of nodes. There, it is essential to develop software having a compatibility of such computer architecture. Recently, we have developed general-purpose MD software MODYLAS (MOlecular DYnamics simulation software for LArge Systems) for massively parallel supercomputers such as K-computer. Here, we describe the outline, important features, and computation of MODYLAS. An example result of the 200 ns-MD simulation of the viral capsid system consisting of about 6,500,000 atoms is also presented. (c) 2014 Wiley Periodicals, Inc.
論文ポリオウィルス-CD155レセプター結合初期過程の分子動力学法による研究遠藤裕太, 水谷圭佑, 小嶋秀和, 藤本和士, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集29th,,-2015年
論文ポリオウィルス-CD155レセプター間の相互作用の分子動力学法による研究遠藤裕太, 水谷圭佑, 小嶋秀和, 藤本和士, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)9th,,-2015年
論文分子動力学計算による小児マヒウイルス感染初期過程の分子論的研究-ウイルスカプシド・レセプター間の相互作用遠藤裕太, 水谷圭介, 小嶋秀和, 藤本和士, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進溶液化学シンポジウム講演要旨集38th,,-2015年
論文全原子分子動力学計算によるポリオウイルスカプシドの溶液内安定性についての研究安藤嘉倫, 吉井範行, 山田篤志, 藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭佑, 中川敦史, 野本明男, 篠田渉, 岡崎進日本膜学会年会講演要旨集37th,,-2015年
論文All-atom molecular dynamics calculation study of entire poliovirus empty capsids in solution査読有Y. Andoh, N. Yoshii, A. Yamada, K. Fujimoto, H. Kojima, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto, S. OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS141,16,16501 1-11-2014年10月 10.1063/1.48975570021-9606Small viruses that belong, for example, to the Picornaviridae, such as poliovirus and foot-and-mouth disease virus, consist simply of capsid proteins and a single-stranded RNA (ssRNA) genome. The capsids are quite stable in solution to protect the genome from the environment. Here, based on longtime and large-scale 6.5 x 10(6) all-atom molecular dynamics calculations for the Mahoney strain of poliovirus, we show microscopic properties of the viral capsids at a molecular level. First, we found equilibrium rapid exchange of water molecules across the capsid. The exchange rate is so high that all water molecules inside the capsid (about 200 000) can leave the capsid and be replaced by water molecules from the outside in about 25 mu s. This explains the capsid's tolerance to high pressures and deactivation by exsiccation. In contrast, the capsid did not exchange ions, at least within the present simulation time of 200 ns. This implies that the capsid can function, in principle, as a semipermeable membrane. We also found that, similar to the xylem of trees, the pressure of the solution inside the capsid without the genome was negative. This is caused by coulombic interaction of the solution inside the capsid with the capsid excess charges. The negative pressure may be compensated by positive osmotic pressure by the solution-soluble ssRNA and the counter ions introduced into it. (C) 2014 AIP Publishing LLC.
論文Why Is Poly(oxyethylene) Soluble in Water? Evidence from the Thermodynamic Profile of the Conformational Equilibria of 1,2-Dimethoxyethane and Dimethoxymethane Revealed by Raman Spectroscopy査読有Ryoichi Wada, Kazushi Fujimoto, Minoru KatoJOURNAL OF PHYSICAL CHEMISTRY B118,42,12223-122312014年10月 10.1021/jp50489971520-6106The origin of high solubility of poly(oxyethylene) in water has been an open question. Although it is thought that the high solubility of poly(oxyethylene) arises from an increase of the trans-gauche-trans (tgt) conformer in water, the relationship between the increase of the tgt conformer and the solubility is unclear. In this study, we have investigated the conformational equilibria of 1,2-dimethoxyethane, which is a model molecule for poly(oxyethylene), by using Raman spectroscopy, and determined the change in the population and the free energy of each conformer with the aid of density functional theory calculations. The free energy of transfer of the tgt conformer from the pure liquid to the water phase is -6.1 +/- 0.2 kJ mol(-1). Furthermore, the fraction of the tgt conformer increases from 0.37 to 0.78. Thus, the net contribution of the tgt conformer is -4.8 +/- 0.2 kJ mol(-1), which is 79% of the total free energy of transfer (-6.07 kJ mol(-1)). This demonstrates that the high solubility of 1,2-dimethoxyethane originates from the lowest free energy and the highest fraction of the tgt conformer in water. We also successfully explain the thermodynamic mechanism of the low solubility of dimethoxymethane, which is the model molecule for poly(oxymethylene).
論文電解質中にポリオウイルスカプシドが作る電場の全原子シミュレーションによる解析小嶋秀和, 遠藤裕太, 藤本和士, 安藤嘉倫, 吉井範行, 山田篤志, 中川敦史, 野本明男, 篠田渉, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集28th,,-2014年
論文ポリオウィルス-CD155レセプター間の相互作用の分子動力学法による研究遠藤裕太, 水谷圭佑, 小嶋秀和, 藤本和士, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 野本明男, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集28th,,-2014年
論文MODYLAS: A Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program for Large-Scale Systems with Long-Range Forces Calculated by Fast Multipole Method (FMM) and Highly Scalable Fine-Grained New Parallel Processing Algorithms査読有Yoshimichi Andoh, Noriyuki Yoshii, Kazushi Fujimoto, Keisuke Mizutani, Hidekazu Kojima, Atsushi Yamada, Susumu Okazaki, Kazutomo Kawaguchi, Hidemi Nagao, Kensuke Iwahashi, Fumiyasu Mizutani, Kazuo Minami, Shin-ichi Ichikawa, Hidemi Komatsu, Shigeru Ishizuki, Yasuhiro Takeda, Masao FukushimaJOURNAL OF CHEMICAL THEORY AND COMPUTATION9,7,3201-32092013年7月 10.1021/ct400203a1549-9618Our new molecular dynamics (MD) simulation program, MODYLAS, is a general-purpose program appropriate for very large physical, chemical, and biological systems. It is equipped with most standard MD techniques. Long-range forces are evaluated rigorously by the fast multipole method (FMM) without using the fast Fourier transform (FFT). Several new methods have also been developed for extremely fine-grained parallelism of the MD calculation. The virtually buffering-free methods for communications and arithmetic Operations, the minimal communication latency algorithm, and the parallel bucket-relay communication algorithm for the upper-level multipole moments in the FMM realize excellent scalability. The methods for blockwise arithmetic operations avoid data reload, attaining very small cache miss rates. Benchmark tests for MODYLAS using 65 536 nodes of the K-computer showed that the overall calculation time per MD step including communications is as short as about 5 ins for a 10 million-atom system; that is, 35 ns of simulation time can be computed per day. The program enables investigations of large-scale real systems such as viruses, liposomes, assemblies of proteins and micelles, and polymers.
論文ミセル水溶液中の溶質の可溶化に関する計算機シミュレーション査読有藤本和士熱測定40,3,114-119-2013年7月
論文分子動力学法に基づいた自由エネルギー計算によるSDSミセル可溶化の理論的研究藤本和士アンサンブル15,1,57-60-2013年1月
論文京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション:4.カプシド内水相の負の圧力安藤嘉倫, 吉井範行, 山田篤志, 藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭佑, 岡崎進, 中川敦史, 野本明男分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)7th,,-2013年
論文京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション 2.高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトMODYLASの開発安藤嘉倫, 吉井範行, 吉井範行, 藤本和士, 水谷圭佑, 小嶋秀和, 山田篤志, 岡崎進, 川口一朋, 長尾秀実, 岩橋建輔, 水谷文保, 南一生, 市川真一, 小松秀実, 石附茂, 武田康宏, 福島正雄分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)7th,,-2013年
論文京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション 3.溶液中のカプシドの安定構造小嶋秀和, 吉井範行, 山田篤志, 安藤嘉倫, 藤本和士, 水谷圭佑, 岡崎進, 中川敦史, 野本明男分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)7th,,-2013年
論文京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション 5.カプシドを横切る水分子の交換山田篤志, 吉井範行, 安藤嘉倫, 藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭佑, 岡崎進, 中川敦史, 野本明男分子科学討論会講演プログラム&要旨(Web)7th,,-2013年
論文Molecular dynamics study of free energy of transfer of alcohol and amine from water phase to the micelle by thermodynamic integration method査読有K. Fujimoto, N. Yoshii, S. OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS137,9,094902 1-6-2012年9月 10.1063/1.47474910021-9606Free energy of transfer of methylamine, octylamine, methanol, and octanol from water phase to sodium dodecyl sulfate (SI)S) micelle has been calculated using thermodynamic integration method combined with molecular dynamics calculations. Together with the results for alkanes obtained in our previous study [K. Fujimoto, N. Yoshii, and S. Okazaki, J. Chem. Phys. 133, 074511 (2010)], the effect of polar group on the partition of hydrophilic solutes between water phase and the micelle has been investigated in detail at a molecular level. The calculations showed that the molecules with octyl group are more stable in the SDS micelle than in the water phase due to their hydrophobicity of long alkyl chain. In contrast, methanol and methylamine are stable in the water phase as well as in the micelle because of their high hydrophilicity. The spatial distribution of methylamine, octylamine, methanol, and octanol has also been evaluated as a function of the distance, R, from the center of mass of SDS micelle to the solutes. The distribution shows that the methylamine molecule is adsorbed on the SDS micelle surface, while the methanol molecule is delocalized among the whole system, i.e., in the water phase, on the surface of the micelle, and in the hydrophobic core of the micelle. The octylamine and octanol molecules are solubilized in the SDS micelle with palisade layer structure and are not found in the water phase. (C) 2012 American Institute of Physics. [http://dx.doi.org/10.1063/1.4747491]
論文Free energy profiles for penetration of methane and water molecules into spherical sodium dodecyl sulfate micelles obtained using the thermodynamic integration method combined with molecular dynamics calculations査読有K. Fujimoto, N. Yoshii, S. OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS136,1,014511, 1-9-2012年1月 10.1063/1.36719970021-9606The free energy profiles, Delta G(r), for penetration of methane and water molecules into sodium dodecyl sulfate (SDS) micelles have been calculated as a function of distance r from the SDS micelle to the methane and water molecules, using the thermodynamic integration method combined with molecular dynamics calculations. The calculations showed that methane is about 6-12 kJ mol(-1) more stable in the SDS micelle than in the water phase, and no Delta G(r) barrier is observed in the vicinity of the sulfate ions of the SDS micelle, implying that methane is easily drawn into the SDS micelle. Based on analysis of the contributions from hydrophobic groups, sulfate ions, sodium ions, and solvent water to Delta G(r), it is clear that methane in the SDS micelle is about 25 kJ mol(-1) more stable than it is in the water phase because of the contribution from the solvent water itself. This can be understood by the hydrophobic effect. In contrast, methane is destabilized by 5-15 kJ mol(-1) by the contribution from the hydrophobic groups of the SDS micelle because of the repulsive interactions between the methane and the crowded hydrophobic groups of the SDS. The large stabilizing effect of the solvent water is higher than the repulsion by the hydrophobic groups, driving methane to become solubilized into the SDS micelle. A good correlation was found between the distribution of cavities and the distribution of methane molecules in the micelle. The methane may move about in the SDS micelle by diffusing between cavities. In contrast, with respect to the water, Delta G(r) has a large positive value of 24-35 kJ mol(-1), so water is not stabilized in the micelle. Analysis showed that the contributions change in complex ways as a function of r and cancel each other out. Reference calculations of the mean forces on a penetrating water molecule into a dodecane droplet clearly showed the same free energy behavior. The common feature is that water is less stable in the hydrophobic core than in the water phase because of the energetic disadvantage of breaking hydrogen bonds formed in the water phase. The difference between the behaviors of the SDS micelles and the dodecane droplets is found just at the interface; this is caused by the strong surface dipole moment formed by sulfate ions and sodium ions in the SDS micelles. (C) 2012 American Institute of Physics. [doi:10.1063/1.3671997]
論文Enthalpy and entropy of transfer of alkanes from water phase to the micelle core査読有K. Fujimoto, N. Yoshii, S. OkazakiMOLECULAR SIMULATION38,5,342-3452012年10.1080/08927022.2010.5332750892-7022Enthalpy and entropy of transfer from water phase to a sodium dodecyl sulphate (SDS) micelle core Delta H-w -> m and T Delta S-w -> m, respectively, have been investigated by molecular dynamics calculation for a series of hydrophobic solutes originally immiscible with water. It is found that both thermodynamic quantities decrease as a function of number of carbon atoms of the alkanes. Structural behaviour of the solubilised alkane molecules in the micelle has been analysed too. The calculated distribution functions show that methane moves around the whole core, whereas the alkane molecules larger than methane are localised in the centre of the core, i.e. the low-density region of the alkyl chains of SDS.
論文分子動力学シミュレーションを用いた抗精神病薬-GPCR複合体の薬理作用メカニズムの解明藤井秀幸, 藤本和士, 山田篤志, 岡崎進, 市川治, 岡崎一彦, 山崎一人分子シミュレーション討論会講演要旨集26th,,-2012年
論文分子動力学シミュレーションを用いたポリオウイルスレセプターCD155の水中における構造の解析水谷圭佑, 藤本和士, 安藤嘉倫, 山田篤志, 吉井範行, 中川敦史, 岡崎進分子シミュレーション討論会講演要旨集26th,,-2012年
論文高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトModylasの開発安藤嘉倫, 吉井範行, 藤本和士, 山田篤志, 岡崎進, 川口一朋, 長尾秀実, 岩橋建輔, 水谷文保, 南一生, 市川真一分子シミュレーション討論会講演要旨集25th,,-2011年
論文Molecular dynamics study of solubilization of immiscible solutes by a micelle: Free energy of transfer of alkanes from water to the micelle core by thermodynamic integration method査読有K. Fujimoto, N. Yoshii, S. OkazakiJOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS133,7,074511 1-6-2010年8月 10.1063/1.34697720021-9606Free energy of transfer, Delta G(w -> m), from water phase to a sodium dodecyl sulfate (SDS) micelle core has been calculated for a series of hydrophobic solutes originally immiscible with water by thermodynamic integration method combined with molecular dynamics calculations. The calculated free energy of transfer is in good correspondence to the experiment as well as the theoretical free energy of transfer. The calculated Delta G(w -> m)'s are all negative, implying that the alkane molecules are more stable in the micelle than in the water phase. It decreases almost linearly as a function of the number of carbon atoms of the alkanes longer than methane with a decrement of 3.3 kJ mol(-1) per one methylene group. The calculated free energy of transfer indicates that, for example, at the micelle concentration of 50 CMC (critical micelle concentration), about only 1 of 6 micelles or 1 of 32 000 micelles does not contain a solute methane or n-octane molecule, respectively. (C) 2010 American Institute of Physics. [doi:10.1063/1.3469772]
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 I: 脆性材料 - PMMA藤本和士, 湯 之也, パヤル ラジディープ, 篠田 渉, 岡崎 進第67回高分子討論会
基調講演全原子分子動力学シミュレーションによる高分子電解質膜における物質輸送永井哲郎, 藤本和士, 岡崎進日本物理学会 2021年秋季大会一般社団法人 日本物理学会オンライン
基調講演Development of highly parallelized general purpose moleculer dynamics simulation program modylas for K-ComputerY. Andoh, N. Yoshii, K. Fujimoto, A. Yamada, S. Okazaki, K.Kawaguchi, H. Nagao, K. Iwahashi, F. Mizutani, K. Minami, S. Ichikawa, H.Komatsu, S. Ishikaki, Y. Takeda, M. FukushimaFOMMS 2012
基調講演全原子分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の誘電分散とその分子論的起源金子敏宏, 藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 岡崎進第70回高分子討論会公益社団法人 高分子学会オンライン
基調講演分子動力学シミュレーションを用いたポリオウイルスレセプターCD155の水中における構造の解析水谷 圭佑, 藤本 和士, 安藤 嘉倫, 山田 篤志, 吉井 範行, 中川 敦史, 岡崎 進第26回分子シミュレーション討論会
基調講演A mechanism of the formation of zwitter ionic DDAO spherical micelles studied by molecular dynamics calculationsKazushi Fujimoto, Yousuke Kubo, Noriyuki Yoshii, Susumu OkazakiJoint EMLG/JMLG Annual Meeting 2016
基調講演Molecular Dynamics Study on Fracture of Polymer MaterialKazushi Fujimoto, Rajdeep Payal, Hiroo Nozaki, Tomonari Hattori, Masayuki Nakagaki, Shigeyoshi Sakaki, Wataru Shinoda, Susumu OkazakiThe 4th International Conference on Molecular Simulation
基調講演京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション 3. 溶液中のカプシドの安定構造小嶋 秀和, 吉井 範行, 山田 篤志, 安藤 嘉倫, 藤本 和士, 水谷 圭佑, 岡崎 進, 中川 敦史, 野本 明男第7回分子科学討論会
基調講演全原子分子動力学計算によるPMMAの溶剤破壊シミュレーション下岡稔, 篠田渉, 三宅大輝, 原光生, 藤本和士第15回分子科学討論会分子科学会北海道大学
基調講演球状ミセルの構造とダイナミクスについての球面調和関数解析吉井 範行, 二村祐樹, 王琳, 瀬高悠太, 藤本和士, 岡崎進第28回分子シミュレーション討論会
基調講演新規ポテンシャルモデルを用いた、非晶高分子の衝撃破壊シミュレーション藤本和士, 服部智成, Rajdeep Singh Payal, 浅野裕太, 中垣雅之, 榊茂 好, 篠田渉, 岡崎 進第19回理論化学討論会
基調講演分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の熱物性の分子論的起源藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 金子敏宏, 岡崎進第15回分子科学討論会分子科学会北海道大学
基調講演Free Energy of Transfer of Polar Solutes from Water Phase to The SDS Micelle by Thermodynamic Integration Method Conbined with Molecular Dynamics CalculationK. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki1st International Conference on Emerging Advanced Nanomaterials (ICEAN 2012)
基調講演分子動力学シミュレーションによる高分子材料破壊の分子機構の解明と破壊シミュレーション手法の確立藤本和士第4回「京」を中核とするHPCIシステム利用研究科第成果報告会
基調講演高分子破壊シミュレーションに向けた;新規ポテンシャルモデルの開発服部智成, 藤本和士, Rajdeep Singh Payal, 中垣雅之, 榊 茂 好, 篠田 渉, 岡崎 進第19回理論化学討論会
基調講演Large-Scale and All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Viruses using the K-computer: 5. Molecular Designs for a Stable Viral CapsidN. Yoshii, Y. Andoh, A. Yamada, K. Fujimoto, H. Kojima, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演ポリオウィルス-レセプター間相互作用の分子論的研究藤本和士, 水谷圭介, 小嶋秀和, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進第30回分子シミュレーション討論会
基調講演非晶高分子の衝撃破壊に関する分子論的研究 Ⅱ: 延性材料 - PC藤本和士, 湯 之也, 篠田 渉, 岡崎 進第67回高分子討論会
基調講演Large-scale and all-atom molecular dynamics simulation of viruses using the K-computer: 4. Negative pressure inside the poliovirus empty capsidK. Fujimoto, Y. Andoh, N. Yoshii, A. Yamada, H. Kojima, K. Mizutani, S. Okazaki, A. Nakagawa, A. Nomoto3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演電解質水溶液中の一様に帯電した球殻内に生成される負圧の分子論的解明島航平, 小嶋秀和, 藤本和士, 篠田渉, 岡崎進第30回分子シミュレーション討論会
基調講演分子動力学計算に基づいたイオン性および非イオン性球状ミセル表面の構造とダイナミクスに関する球面調和関数解析二村 佑樹, 王 琳, 吉井 範行, 藤本 和士, 岡崎 進第16回理論化学討論会
基調講演高分子鎖切断を記述可能な新規ポテンシャルモデルの開発及び破断の分子動力学シミュレーション服部智成, 藤本和士, 埜崎寛雄, Rajdeep Singh Payal, 中垣雅之, 榊茂好, 篠田渉, 岡崎進第30回分子シミュレーション討論会
基調講演Large-scale and all-atom molecular dynamics simulation of viruses using the K-computer: 3. Equilibration of the system and the stable structure of poliovirus capsid in solutionH. Kojima, N. Yoshii, A. Yamada, Y. Andoh, K. Fujimoto, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演非晶性高分子および結晶性高分子の分子シミュレーション藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 金子敏宏, 岡崎進第70回高分子討論会公益社団法人 高分子学会オンライン
基調講演Large-scale and all-atom molecular dynamics simulation of viruses using the K-computer: 6. Exchange of water molecules across the poliovirus capsidA. Yamada, N. Yoshii, Y. Andoh, K. Fujimoto, H. Kojima, K. Mizutani, A. Nakagawa, A. Nomoto, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演Large-scale and All-atom Molecular Dynamics Simulation of Viruses using the K-computer 2. Development of a Highly Parallelized General-Purpose Molecular Dynamics Simulation Program, MODYLASY. Andoh, N. Yoshii, K. Fujimoto, K. Mizutani, H. Kojima, A. Yamada, S. Okazaki, K. Kawaguchi, H. Nagao, K. Iwahashi, F. Mizutani, K. Minami3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演高分子電解質膜におけるガス分子輸送の全原子分子シミュレーション研究永井哲郎, 藤本和士, 岡崎進第70回高分子討論会公益社団法人 高分子学会オンライン
基調講演分子動力学法を用いた、メチルアミン、メタノール、オクチルアミン、オクタノールの水相から SDSミセルへ移行する際の自由エネルギー計算藤本 和士, 吉井 範行, 岡崎 進第35回溶液化学シンポジウム
基調講演京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション: 4. カプシド内水相の負の圧力安藤 嘉倫, 吉井 範行, 山田 篤志, 藤本 和士, 小嶋 秀和, 水谷 圭佑, 岡崎 進, 中川 敦史, 野本 明男第7回分子科学討論会
基調講演分子動力学法による，メタン・水分子の水相からSDS ミセル核中への移行の自由エネルギープロフィール藤本 和士, 吉井 範行, 岡崎 進第25回分子シミュレーション討論会
基調講演Large-Scale and All-Atom Molecular Dynamics Simulation of Viruses Using the K-computer: 7. Interaction with Poliovirus Receptor CD155K. Mizutani, N.Yoshii, A. Yamada, Y. Andoh, K. Fujimoto, H. Kojima, A. Nakagawa, A. Nomoto, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演分子動力学計算によるイオン性SDSミセルおよび非イオン性C12E8ミセルへの難溶性分子の可溶化自由エネルギープロフィール高林 宏彰, 藤本 和士, 吉井 範行, 岡崎 進第7回分子科学討論会
基調講演分子動力学計算を用いた、ポリオウィルスのCD155レセプター結合の研究藤本和士, 小嶋秀和, 水谷圭佑, 遠藤裕太, 山田篤志, 安藤嘉倫, 吉井範行, 篠田渉, 中川敦史, 岡崎進第39回溶液化学シンポジウム
基調講演京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション 5．カプシドを横切る水分子の交換山田 篤志, 吉井 範行, 安藤 嘉倫, 藤本 和士, 小嶋 秀和, 水谷 圭佑, 岡崎 進, 中川 敦史, 野本 明男第7回分子科学討論会
基調講演分子動力学シミュレーションを用いたSDSミセルの会合過程における会合体-会合体間自由エネルギープロフィール計算河田 真治, 藤本 和士, 吉井 範行, 岡崎 進第36回溶液化学シンポジウム
基調講演SDS の会合体間相互作用および会合機構に関する分子動力学計算による研究河田真治, 藤本和士, 吉井範行, 岡崎進第17回理論化学討論会
基調講演Molecular Dynamics Study of Free Energy Profile of Solubilization of Insoluble Molecules in Ionic SDS and Non-ionic C12E8 MicellesH. Takabayashi, K. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
基調講演分子動力学シミュレーションを用いた抗精神病薬-ＧＰＣＲ複合体の薬理作用メカニズムの解明藤井 秀幸, 藤本 和士, 山田 篤志, 岡崎 進, 市川 治, 岡崎 一彦, 山崎 一人第26回分子シミュレーション討論会
基調講演分子動力学法を用いた抗B型肝炎ウイルス薬の力場開発深井基裕, 藤本和士, 篠田 渉, 岡崎 進第３９回溶液化学シンポジウム
基調講演京コンピュータを用いたウイルスの全原子シミュレーション: 2．高並列汎用分子動力学シミュレーションソフトMODYLASの開発安藤 嘉倫, 吉井 範行, 藤本 和士, 水谷 圭佑, 小嶋 秀和, 山田 篤志, 岡崎 進, 川口 一朋, 長尾 秀実, 岩橋 建輔, 水谷 文保, 南 一生, 市川 真一, 小松 秀実, 石附 茂, 武田 康宏, 福島 正雄第7回分子科学討論会
基調講演分子動力学計算によるp-ヒドロキシ安息香酸重合体結晶の誘電分散とその分子論的起源金子敏宏, 藤本和士, 石川博章, 下岡稔, 岡崎進第15回分子科学討論会分子科学会北海道大学
基調講演A Molecular Dynamics Study of Free Energy Profile of a Pair of Aggregates in the Formation Process of SDS MicelleS. Kawada, K. Fujimoto, N. Yoshii, S. Okazaki3rd International Conference on Molecular Simulation (ICMS2013)
社会活動
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2018年10月 11日～2018年10月 11日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2019年10月 23日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2017年8月 31日～2017年8月 31日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2016年6月 17日～2016年6月 17日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2015年5月 ～2015年5月
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2014年6月 ～2014年6月
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2022年9月 14日～2022年9月 14日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2020年11月 11日～2020年11月 11日
- 西宮市立西宮東高等学校自然科学系コース講演 2021年10月 13日～2021年10月 13日